Сет-фактура — существительное мужского рода. Как правило, в подобных наименованиях в качестве ведущего, главного выступает первое слово наименования, а приложением — второе. Род всего сложносоставного существительного определяется по роду первого слова.

   П падежам склоняются оба компонента этого слова. То есть, правильно говорить: «согласно выданному счету-фактуре», «изменилась форма счета-фактуры». Склоняйте правильно, дорогие читатели!